·常规信息
基因(座)名称稻瘟病抗性基因
Pyricularia oryzae resistance-d3
基因符号Pi-d3
所在染色体6 (已克隆)
供体材料地谷

源自籼稻品种"地谷"的主效抗稻瘟病基因Pi-d3,对我国稻瘟病生理小种Zhong-10-8-14表现较高的抗稻瘟能力。

由Mgnaporthe oryzae 引起的稻瘟病是最具毁灭性的植物病害之一。尽管亚洲栽培稻的两个亚种,籼稻和粳稻,对稻瘟病表现出明显的抗性差异,但是造成这种差异的基因组基础却并不清楚。核苷酸结合位点和富含亮氨酸重复(NBS-LRR)基因家族是水稻中一类主要的抗病基因家族,中国学者在全基因范围内对籼稻93-11和粳稻日本晴中的NBS-LRR假基因成员进行了比对,结果发现这两个基因组上假基因的分布和结构存在巨大的差异。根据全基因组比对结果,作者设计了大量基于PCR的分子标记,用以特异性扩增日本晴的的NBS-LRR假基因成员。这些标记与稻瘟病感病性状是共分离的,因而可以用来对由抗病籼稻和感病粳稻为父母本获得的后代分离群体的抗感情况进行鉴定。通过这种策略,他们在籼稻品种地谷中分离了一个新的抗稻瘟病基因Pid3。在大部分被测的粳稻品种中Pid3 基因转录起始位点开始的第2208位核苷酸处的无义突变导致了粳稻中的Pid3 基因成为了假基因。同时,这个位点的突变却没有在籼稻、非洲栽培稻或是AA组的野生稻中被检测到。这些结果都说明粳稻品种Pid3 假基因化是发生在籼粳分化以后的(Shang et al., 2009)。

【基因克隆与生物学功能分析】

Pid3 cDNA 全长2970 bp,含有2 个外显子,编码一个由923 氨基酸组成的蛋白产物,产物含有NBS-LRR结构域和MHD基序。Pid3Nip 在LRR结构域中,转录起始位点开始的第2208位核苷酸处,CAG被替换为TAG。

【相关登录号】
cDNAs及其产物:FJ773285;FJ773286
参考基因组位点:Os06g0330100(RAP-DB, Gramene←→ LOC_Os06g22460(本地MSU-RGAP
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·遗传(物理)图谱
#图谱名称连锁群开始位置终止位置
1日本晴序列注释图谱(2008)61312325413126028
·ONTOLOGY及相关基因
表型特征稻瘟病抗性(TO:0000074)
·参考文献
1Jie Chen;Yongfeng Shi;Wenzheng Liu;Rongyao Chai;Yaping Fu;Jieyun Zhuang;Jianli Wu
  A Pid3 allele from rice cultivar Gumei2 confers resistance to Magnaporthe oryzae
  Journal of genetics and genomics, 2011, 38(5): 209-216
2Junjun Shang;Yong Tao;Xuewei Chen;Yan Zou;Cailin Lei;Jing Wang;Xiaobing Li;Xianfeng Zhao;Meijun Zhang;Zhike Lu;Jichen Xu;Zhukuan Cheng;Jianmin Wan;Lihuang Zhu
  Identification of a New Rice Blast Resistance Gene, Pid3, by Genomewide Comparison of Paired Nucleotide-Binding Site–Leucine-Rich Repeat Genes and Their Pseudogene Alleles Between the Two Sequenced Rice Genomes
  Genetics, 2009, 182(4): 1303-1311
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